علامه جعفری در اواخر زندگی، دچار بیماری سرطان ریه شد. پزشكان این بیماری را در ایشان در مرداد ماه 1377 تشخیص دادند. فرزند علامه ـ دكتر غلامرضا جعفری ـ كه در نروژ مشغول تحصیل در دوره فوق دكترا بود، ‌به ایران آمد تا ایشان را برای ادامه معالجه به آن جا ببرد. استاد هنگام خداحافظی با خانواده گفت: «این سفر بدون بازگشت است. پس از مرگ من، درباره من اغراق نكنید.» و به فرزندش گفت: «جلال الدین! حال كه به عمر خود نگاه می‌كنم می‌بینم كه چقدر سریع گذشت.