گریه ها، ناله ها، مناجات و عبادات شیخ محمد تقی بافقی زندان و زندانیان را متحول نموده بود و زندان شده بود مسجدی که عدّه ای در آن اعتکاف نموده اند؛ جمع زیادی از زندانیان از گناهان خود تائب شدند و در اول وقت به امامت ایشان نماز جماعت برگزار می شد.
معظم له نیز با موعظه و پند زندانیان را به توحید و خداپرستی دعوت می نمود و به تبلیغ دین می پرداخت.
حتی مأموران زندان که مراقب ایشان بودند از دیدن حالات این مرد متنبّه شده و اهل عبادت شده بودند.