تا قبل از ورود آیت الله محمد تقی بافقي به قم، مسجد جمکران مورد بی اعتنایی و متروك بود، تا اين‌كه آن بزرگوار با  روح پر عظمت و همّت مردانه، قصد رونق دادن به آن مسجد را نمود. ایشان مردم را دعوت و تشويق به رونق بخشیدن به آن مكان شريف می كرد. هر هفته يك مرتبه يا بيشتر، خصوصاًً در شب‌هاي پنجشنبه و جمعه - كه مزاحمتی با تحصيل طلّاب نداشت- به آن‌ مکان مشرّف مي‌شد و همراه با جمعي از طلاب متدين و پرهيزكار شب را تا صبح بيتوته مي‌نمود .
 پس از مدتی اقدام به تعمير و ساختن آب انبار برای مسجد جمکران نمود، حتي خود نيز با شوق زيادي همراه با کارگران كار کرد.