آيت الله شيخ محمّد بهارى در نجف مريض شد و به سفارش پزشكان، به ايران بر گشت و عازم مشهد شد. ایشان مدّتى بعد، قصد بازگشت به نجف اشرف نمود كه شدّت يافتن بيمارى، ایشان را از اين تصميم منصرف ساخت و ایشان ناچار به زادگاهش، شهر بهار بر گشت و در نهم ماه مبارك رمضان 1325 هـ . ق. روحش به رضوان الهى پَر كشید و پيكر پاك ایشان در شهر بهار به خاك سپرده شد.
علاّمه شيخ آقا بزرگ تهرانى، تاريخ وفات شيخ محمّد بهارى را نهم ماه مبارك رمضان سال 1325 هـ .ق. ذکر کرده است و مى فرمايد: در تاريخ وفات مرحوم بهارى، اين گونه وارد شده است: «آه خزان شد گل و بهار محمّد».