آيت الله شيخ محمّد بهارى در نجف مريض شد و به سفارش پزشكان، به ايران بر گشت و عازم مشهد شد. ایشان مدّتى بعد، قصد بازگشت به نجف اشرف نمود كه شدّت يافتن بيمارى، ایشان را از اين تصميم منصرف ساخت و ایشان ناچار به زادگاهش، شهر بهار بر گشت و در نهم ماه مبارك رمضان 1325 هـ . ق. روحش به رضوان الهى پَر كشید و پيكر پاك ایشان در شهر بهار به خاك سپرده شد.
علاّمه شيخ آقا بزرگ تهرانى، تاريخ وفات شيخ محمّد بهارى را نهم ماه مبارك رمضان سال 1325 هـ .ق. ذکر کرده است و مى فرمايد: در تاريخ وفات مرحوم بهارى، اين گونه وارد شده است: «آه خزان شد گل و بهار محمّد».
مرقد منوّر آن مرحوم هم اكنون در ميان بيش از 160 تن از شهيدان سرافراز و گلگون كفن انقلاب اسلامى و جنگ تحميلى عراق عليه ايران، در باغ بهشت شهداى بهار، زيارتگاه مردم است. يكى از بزرگان نقل كرده: اطرافيان آیت الله بهارى در زمان حياتش، به ايشان پيشنهاد كردند بعد از رحلت، پیکر ایشان را به نجف منتقل كنند و در آن جا به خاك بسپارند. ايشان با قاطعيت مى گويد: مرا در گورستان شهر بهار دفن كنيد. چون مى خواهم كنار شهيدان باشم.
آرامگاه وى زيارتگاه مردم از شهرهاى مختلف كشور است. گاه اشخاص گرفتار و حاجتمند براى رفع گرفتارى و برآورده شدن حاجات خويش، به آستان مبارك و شفابخش آن ابر مرد زهد و تقوا، روى اميد مى آورند. كرامات فراوانى نيز در اين زمينه از ايشان نقل و مشاهده شده است!

منبع: 

الذريعه، ج 4، ص 46.