هنگامی که محمد تقی، در نجف به سر می برد حوزه علمیه این شهر مزین به وجود فقیهانی فرخنده و فرزانگانی والا مقام بود.

جهاد و اجتهاد با هم آمیخته و استادان ضمن تدریس و تربیت شاگردان از رخ دادهای سیاسی غافل نبودند. سیره علمی و عملی دانشمندان شیعی از وی شخصیتی فاضل و وارسته و آراسته به صدق و صفا پدید آورد. وی به درس «آخوند ملا محمد کاظم خراسانی » (1255-1329 ه.ق) حاضر شد، آخوند خراسانی که از شاگردان برگزیده میرزای شیرازی به شمار می رفت خود حلقه درسی به طور جداگانه داشت، با درگذشت استادش در سال 1291 ه.ق حوزه درسی خود را به نجف انتقال داد و طی چهل سال تدریس، شاگردانی بس دانشور و ارزنده تحویل جامعه اسلامی داد و محتوای پرجذبه ونحوه دلپذیر بیانش برخی را بر آن داشت که چندین مرتبه در بوستان پرثمرش شرکت نمایند. با حمایت و رهنمودهای آیه الله آخوند خراسانی، مرحوم شیخ عبدالله مازندرانی و حاج میرزا حسین خلیلی تهرانی، مردم ایران با استبداد قاجاریه به مبارزه برخاستند. فقیه دیگری که آیت الله شیخ محمد تقی بافقی محضرش را درک کرد «سید محمد کاظم یزدی »(1248-1337 ه.ق) است که یکی از مفاخر شیعه و استوانه های عظیم فقاهت به شمار می آید، در حوزه گسترده این عالم شیعی شمار زیادی از طالبان دانش دینی شرکت نمودند که شیخ محمد تقی بافقی در این منظومه معرفت و بین آنان چون ستاره ای می درخشید، زیرا او و تنی چند از ابرار، تمام وقت خویش را به تحصیل و تدریس و تقوا وقف نموده بودند. مرحوم آیت الله محمد تقی بافقی به خصوص با عارف متشرّع «شیخ مرتضی طالقانی » بسیارمحشور بود و همراه او و عدّه ای دیگر در تمام مدت اقامت در نجف اشرف هر صبح پنجشنبه، پیاده شانزده فرسنگ مسیر را تا کربلا می پیمود و شب را در حرم مطهر حضرت سیدالشهداء(علیه السلام) احیاء می داشت و صبح روز جمعه دوباره بی آن که خوابیده باشد، به سوی نجف باز می گشت تا بتواند صبح شنبه در درس حاضر شود.

مرحوم بافقی، علاوه بر این برنامه پربار که یک بار هم در طول اقامت در نجف آن را ترک ننمود در دو سفر پیاده از نجف به مکّه و هفت سفر به همین حال به مشهد مقدس مشرّف گردید و به نجف مراجعت نمود. کدام قلم می تواند این عشق معنوی و همّت روحانی را وصف نماید؟

محمد تقی بافقی به همراه «سید محمد کاظم عصار»، «سید محسن امین عاملی »(صاحب اعیان الشیعه)، «حاج میرزا علی آقا قاضی » (استاد «علامه طباطبایی ») ومرحوم «محمد سعید حبوبی » به محضر پرفیض جمال السالکین مرحوم «سید احمدکربلایی » راه یافت، همان انسان وارسته ای که در بوته تربیت و تهذیب آخوند ملا حسینقلی همدانی قرار گرفت و سالیان دراز در ملازمت مرحوم آخوند بوده و ازهمگنان گوی سبقت ربوده و در علوم ظاهری و باطنی مکانی مکین و مقامی امین احراز نمود و بعد از درگذشت استادش در نجف اشرف اقامت گزید و به درس فقه اشتغال ورزید و در معارف دینی و تربیت و تکمیل مردم ید بیضا نشان می داد.

و سید محسن امین که همراه با بافقی از چنین جویبار باصفایی بهره مند شد می گوید:

نزدش سطح فقه و اصول را استفاده کردیم و از علم و اخلاقش بهره بردیم، عالمی فاضل و مهذب النفوس بود. بدون شک یکی از عواملی که در شخصیّت محمد تقی بافقی تاثیری به سزا داشت، پرتوهای پرفروغ «سید احمد کربلایی » است که توانست دل و باطنش را از انوار الهی سیر کند و وی را به اخلاص و تطهیر دل از زنگار کدورت ها هدایت نماید.