بعد از اینکه رضا شاه، آیت الله محمد تقی بافقی را به دست گیر و به زندان منتقل کرد، ایشان با حالات معنوی و رفتار اخلاقی خود؛ اوضاع زندان را متحول نموده و زندان به صورت مسجدی درآمده بود.
یک روز بازپرسی برای بازجویی ایشان با چند نفر وارد زندان شد تا کار را یک طرفه کند و یک نفر منشی هم مشغول نوشتن سخنان ایشان شد.
بازپرس می پرسد: آقای شیخ شما را چه کسی تحریک کرده که به خاندان سلطنتی امر و نهی کنی؟
شیخ می فرماید:
اولاً بگو تو از کدام ملت هستی تا با تو بحث کنم؟
اگر یهودی یا مسیحی یا مسلمان هستی تا از کتاب خودت با خودت مباحثه کنم. چون می بینم که صورت خود را مانند زنان کرده ای و از دسته مردان بیرون آمده ای، کدام دین به تو این دستور را داده است؟
و ثانیاً چه کسی به تو دستور داده تا از من سؤال و جواب کنی؟
 گفت: مرا رییسم دستورداده.
 فرمود: "خوب مرا هم رییسم دستورداده است."
گفت: " بفرمایید رییس شما کیست؟ "
 فرمود: " نمی شناسی؟ رییس من اعلی حضرت ولی عصر حجت بن الحسن العسکری -علیه السلام- است."
بازپرس دید که به جای بازجویی کردن، بازجویی هم می شود، گفت: این مردی است سرتا پا خدایی و متدین و مغلوب هیچ حرکتی نمی شود، ناچاراً برای این که اوضاع زندان بیشتر از این خدایی نشود، فرمان آزادی ایشان را نوشته و پرسید کدام شهر را بیشتر دوست داری؟
گفت: دارالعلم و الایمان، قم. زیرا که حرم اهل بیت عصمت و طهارت -علیهم السلام- و محل سکونت دوستان خدا است.
گفت: آن جا نمی شود. کجا را دشمن تر داری؟
فرمود: تهران، زیرا که محل سکونت ستمگران و بیشتر فاسقان است. (درباریان ) و خدا فرموده است: " ولا ترکنوا الی الذین ظلموا فتمسکم النار".
گفت: ناچارا" یا نجف و عتبات را انتخاب کن و یا تهران را.
فرمود: به خاطر عذری که دارم نجف و عراق را نمی توانم، اما تهران هم که جای ستمگران است ولی چون چاره ای نیست، جوار مقدس حضرت عبدالعظیم -علیه السلام- را که محدث العلیم و سید الکریم است بر می گزینم.
گفت: چون آن جا هم جزء نواحی تهران است، مانعی ندارد .
سپس ماشین گران قیمتی آوردند تا ایشان راببرند، فرمود: من احتیاجی به ماشین ندارم و پیاده روانه آستان مقدس حضرت عبدالعظیم گردید.