آیت الله اصفهانی پس از یک بیماری کوتاه و در بازگشت از لبنان به کاظمین، در شب سه شنبه ۹ ذی‌الحجة ۱۳۶۵ق درگذشت. جنازه‌ او را از کاظمین به نجف منتقل و در یکی از حجره‌های صحن علوی دفن کردند. درگذشت سید ابوالحسن اصفهانی واکنشی سیاسی به همراه داشت. به گواهی برخی از منابع، حضور وسیع مردم در مراسم سوگواری درگذشت اصفهانی در آبان ۱۳۲۵ (ذیحجه ۱۳۶۵ق) در شکست فرقه دمکرات آذربایجانمؤثر بود. برانگیخته شدن احساسات مذهبی مردم در جریان تشییع اصفهانی در جهت مبارزه با فرقه مزبور در مرثیه‌ای که خوشدل تهرانی در سوگ اصفهانی پرداخته، نیز منعکس شده است.