شاگردان استاد
شاگردان آخوند همدانی
برخی از شاگردان آخوند عبارتند از:
1. شیخ محمد بهاری همدانی (متوفا: 1325 هـ.ق) او از اصحاب خاص آخوند ملا حسینقلی همدانی بود.
سید احمد کربلایی می‌گوید: ما پیوسته در خدمت مرحوم آیت الحق، آخوند ملا حسینقلی بودیم و آخوند صد در صد برای ما بود، ولی همین که آقای شیخ محمد بهاری با آخوند آشنا گردید، آخوند را از ما ربود.
2. آیت الله میرزا جواد آقا ملکی تبریزی (متوفا: 1343 هـ.ق): او از استادان علم عرفان و از مربیان بزرگ سیر و سلوک محسوب می‌‌شود.
مرحوم ملکی تبریزی استاد اخلاق و عرفان امام خمینی (ره) بود. امام خمینی آن چنان به او ارادت می‌‌ورزید که هنگام بازگشت از پاریس به ایران، در قم به قبرستان شیخان رفته و با کمال تواضع با تحت الحنک عمامه خویش ـ با آن که همیشه دستمال همراه داشت ـ غبار سنگ قبر استاد را زدود و به قرائت فاتحه و تلاوت قرآن پرداخت.
3. سید احمد کربلایی طهرانی (متوفا: 1332 هـ.ق): او از بزرگان اهل عرفان است و شاگردان مهمی در این رشته تربیت کرده است که علامه آقا سید علی قاضی، معروف‌‌ترین استاد عرفان در عصر ما یکی از برجسته‌‌ترین تربیت یافتگان مکتب اوست.
4. سید محمد سعید حبوبی. او از ملازمان آخوند بود و در ادبیات بسیار مهارت داشت و شعر نیز می‌‌سرود.
این عارف سالک علاوه بر سیرو سلوک معنوی، در مسائل اجتماعی و سیاسی مسلمانان حضور فعال داشت و در انقلاب 1920 عراق، تحت رهبری شیخ محمد تقی شیرازی لباس رزم پوشید و در جبهه جنگ حاضر شد و حماسه‌‌ها آفرید.
5. سید عبدالحسین موسوی لاری. او از مبارزان سرسخت علیه استعمار انگلیس به شمار می‌‌رفت.
6. سید جمال الدین اسدآبادی
استاد مطهری می‌‌نویسد: «سید جمال در نجف از محضر حکیم متأله، فیلسوف عالیقدر و عارف بزرگ آخوند ملا حسینقلی همدانی درجزینی شوندی بهره‌‌مند شده است. سید جمال در حضور او با علوم عقلی و مسائل معنوی و عوامل عرفانی آشنا شده است. این بنده از وقتی که به این نکته در زندگی سید پی بردم، شخصیت سید در نظرم بُعد دیگر و اهمیت دیگری پیدا کرد.»
7. سید حسن صدر الدین عاملی، نویسنده تکمله امل الآمل.
8. شیخ محمد باقر نجم آبادی.
9. آقا سید کمال دولت آبادی.
10. سید علی همدانی.
11. سید ابوالقاسم اصفهانی (داماد آخوند).
12. سید محمد تقی اصفهانی.
13. شیخ آقا رضا تبریزی.
14. حاج شیخ علی قمی.
15. سید محمد تقی شاه عبدالعظیمی.
16. سید محمود طالقانی نجفی.
17. شیخ موسی شراره عاملی.
18. سید عبدالغفار مازندرانی.
19. شیخ باقر قاموسی نجفی.
20. شیخ علی، فرزند آخوند.
21. سید محسن امین عاملی، نویسنده اعیان الشیعه.
22. سید مهدی حکیم نجفی.
23. میرزا باقر قاضی طباطبایی.
24. حاج میرزا ابوالقاسم معین الغرباء.
25. منصور علی کیوان قزوینی، نویسنده رساله راز گشا.
26. سید مرتضی کشمیری.
27. غلامحسین رشتی.
28. حاج علی محمد نجف آبادی.
29. آقا سید علی عرب.