یکی از اشخاصی که به مرحوم آقای قاضی علاقه داشت و رابطه دوستی و رفاقت باهم داشتند مرحوم آیة الله میرزا باقر زنجانی(متوفی1394 ق) بود که از مدرسین ممتاز و  مجتهدین نامی نجف به شمار می رفت.

فرزند ایشان حجة الاسلام شیخ محمود زنجانی نقل کرده اند: پدرم صمیمیت زیادی با مرحوم قاضی طباطبایی داشت و از جوانی با هم دوست و رفیق بودند. البته ایشان در سلک و روش عرفانی مرحوم عرفانی مرحوم قاضی نبود و چه بسا هم به طور مطلق قبولش نداشت ولی سید را شخصی اهل معنی و بزرگوار می دانست. روزهای جمعه که در منزل آقای قاضی روضه برقرار می شد ، تشریف می برد و ایشان هم برای روضه منزل ما می امدند.

پدرم نقل می کرد: روز جمعه ای به منزل آقای قاضی رفتم بعد از اتمام روضه چند نفری نشستند و مشغول صحبت شدیم، نزدیک زوال که شد آقای قاضی فرمود: ببخشید، اگر اجازه بدهید من یک غسل جمعه ای بکنم، چون من ملتزم به انجام آن هستم و پس از آن بلند شد و در ایوان لنگی به کمر بست و یک پارچ  کوچک را که در حدود دو لیوان آب می گرفت پر از آب کرده در کنار خود گذاشت، سپس پارچه ای را داخل پارچ کرده و خیس نمود و با آن سر خود را مرطوب کرد، پس از آن صورت، بعد بدن و بالاخره تمام بدن را خیس کرد و سپس با حوله پاک نمود و لباسهایش را پوشیده و نزد ما آمد و نشست. ما که متعجبانه به ایشان نگاه می کردیم گفتیم: آقای قاضی غسل شما این بود؟! قاضی فرمود: "بلی! این غسل سنت(مستحب) است که در آن نباید اسراف بشود" و ما از این رفتار بی آلایش و بدون تکلف ایشان بسیار تحت تأثیر قرار گرفتیم"