فعالیت‌های سیاسی آیت الله مرعشی نجفی(ره)
واکنش به ماجرای انجمنهای ایالتی و ولایتی
آیت الله سید شهاب الدین مرعشی در غائله انجمنهای ایالتی و ولایتی از امام خمینی حمایت کرد. در ماجرای شرکت بانوان در انجمنهای ایالتی و ولایتی که در ۱۶ مهر ۱۳۴۱ش به تصویب هیئت دولت رسید، پس از توضیحات نخست وزیر وقت، اسدالله علَم، در پی تلگراف‌ها و نامه‌های سرگشادۀ اعتراض آمیز علما به شاه و نخست وزیر، سید شهادب الدین مرعشی نظر دولت را قانع کننده می‌دانند و بر آن می‌شوند که طی تلگرافی به دولت، تشکر خود را اعلام کنند و مساله را پایان دهند، اما امام خمینی به وی نامه‌ای می‌نویسد که: «به عرض می‌رساند از قرار مسموع تلگراف نخست وزیر را می‌خواهید طبع و منتشر نمایید. بنده صریحاً عرض می‌کنم این انتشار بر خلاف صلاح اسلام و حوزه علمیه و خلاف خود جنابعالی است. من میل ندارم آقایان هتک شوند. من میل ندارم حوزه علمیه قم این قدر سبک و بی‌ارزش در این دولت و ملت قلمداد شود. با هر وسیله‌ای هست از طبع و انتشار این امر جلوگیری کنید تا خود دولت انتشار دهد. الان تلفن کنید، مطبعه طبع نکند و یا منتشر نکنند».
پشتیبانی از نهضت امام خمینی
وی همواره از نهضت امام خمینی حمایت کرد. بارها اعلامیه داد. در پی دستگیری امام خمینی در سال ۱۳۴۲، با ارسال اعلامیه شدید اللحنی به رژیم پهلوی، خواستار آزادی او شد.
آیت الله مرعشی و مرجعیت آیت الله خمینی
وی همراه مراجع تقلید و علما برای آزادی امام خمینی به تهران سفر کرد. وی در سال ۱۳۴۲ش، در پاسخ به نامه جمعی از طلاب در خصوص مرجعیت آیت الله خمینی گفت: «چنانچه کراراً اینجانب عقیده خود را اظهار کرده ام، باز هم به موجب این سؤال عرض می‌کنم که حضرت آیت الله خمینی یکی از مراجع تقلید عالم تشیع هستند و از اساطین روحانیت اسلام و از مفاخر عالم تشیع».
واکنش به لایحه کاپیتولاسیون
سومین مرجعی که علیه کاپیتولاسیون در سال ۱۳۴۳ش به ایراد سخنرانی پرداخت، آیت الله مرعشی نجفی بود. وی در ۴ آبان ماه ۱۳۴۳ پس از سخنرانی آیت الله خمینی در جمع افراد حاضر در منزلش به سخنرانی پرداخت. آیت الله مرعشی نجفی در آغاز سخنان خود، به لایحه کاپیتولاسیون اشاره کرده و گفت: «اگر یک امریکایی هر جنایتی را مرتکب شود با هر جرمی را مرتکب بشود [آیا باید] مصونیت داشته باشد» وی، سپس آزادی تبلیغ پیروان ادیان مختلف در ایران را در مقابل اختناق سختگیریهای وارده به روحانیت را مورد انتقاد قرار داد و گفت: «...قلم و زبان روحانیت توسط هیأت حاکمه بسته شده است.».
موضعگیری در مقابل توهین روزنامه اطلاعات به امام خمینی
واقعه‌ای که جرقه اولیه انقلاب اسلامی را در ۱۹ دی سال ۱۳۵۶ش زد، چاپ مقاله شخص مجعولی به نام رشیدی مطلق، تحت عنوان "ایران و استعمار سرخ و سیاه" در روزنامه اطلاعات بود. در این مقاله که اعتراضات گسترده مردم را به دنبال داشت، به امام خمینی توهین شده بود، آیت اللّه مرعشی در این باره موضع گیری سختی نمود.[۲۹]
صدور اطلاعیه پس از پیروزی انقلاب
وی با صدور اطلاعیه‌ای در روز پیروزی انقلاب اسلامی در تاریخ ۲۲ بهمن ماه ۱۳۵۷، تشکر صمیمانه خود از ملت ایران اعلام کردند، وی شورای انقلاب و دولت موقت را تأیید کرد و در حادثه جنگ عراق علیه ایران، مردم را به دفاع مقدس فراخواند.
وفات
تشییع جنازه آیت الله مرعشی نجفی
آیت الله مرعشی نجفی در سن ۹۶ سالگی در ۷ شهریور ۱۳۶۹ش / ۷ صفر ۱۴۱۱ق رحلت کرد. او را بنا بر وصیت خودش در کتابخانه‌اش که در خیابان ارم قم واقع است دفن کردند.
بنا بر وصیت اش، سجاده‌ای را که هفتاد سال بر آن عبادت کرده بود، لباسی که برای عزای امام حسین(ع) بر تن می‌کرد و خاکی را که از حرم امامان و امامزادگان جمع‌آوری کرده بود به همراهش دفن کردند.