در سال 1337 ه.ق پس از درگذشت مرجع وقت شیعیان سید محمد کاظم یزدی(ره)، مرحوم بافقی از نجف به قم مشرّف شد و در این شهر رحل اقامت افکند.

انتخاب قم به عنوان کانونی برای فعالیت های تبلیغی توسط بافقی بی دلیل و بدون انگیزه نبود، زیرا این دیار تنها مکانی است که در طول تاریخ با ولایت اهل بیت(علیهم السلام) و تشیع دمساز بوده و ائمه اطهار(علیهم السلام) به تمجید مردمانش پرداخته و آنان را از متابعان خود دانسته اند.

سه سال پس از اقامت مرحوم بافقی در قم، یعنی 22 رجب به سال 1340 ه.ق عالم زاهد و فقیه پرهیزگار آیه الله العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری به منظور زیارت، به شهر مقدس قم مشرّف گردید، در آن زمان شهر قم که به خاطر فرارسیدن سالروز مبعث نبی اکرم (صلی الله علیه و آله) آذین بندی شده بود، خود را مهیای استقبال از شخصیتی نمود که مصداق «العلماء ورثه الانبیاء» بود. با انتشار خبر ورود آیه الله حائری به شهر، مردم فوج فوج در مسیر ورود شهر به استقبال ایشان اجتماع نمودند تا مقدم مبارکش را گرامی دارند. دو ماه بعد از اقامت آن فقیه فرزانه در قم در بیت آیت الله پایین شهری جلسه ای از سوی علماء و کسبه تشکیل گردید که آیت الله بافقی در آن حضور داشت، در این جلسه از تاسیس حوزه علمیه قم سخن به میان آمد و بحث در این خصوص ساعت ها به درازا کشید، علماء و در راس آنان آیت الله بافقی، اصرار زیادی نمودند که حاج شیخ عبد الکریم در قم اقامت فرموده و حوزه علمیه قم را سامان دهند.  و شور و شوق وافر مرحوم بافقی به توقف آیت الله حائری در جوار بارگاه حضرت فاطمه معصومه (علیهاالسلام) از فراست دینی و دوراندیشی و گوهر شناسی وی حکایت داشت. او با بصیرتی ژرف می دید که این مرد بزرگ می تواند اساس چنین تشکیلاتی را بنیان نهد. آیت الله حائری که هیچ وقت با قرآن استخاره نمی فرمود؛ پس از اصرار آیت الله بافقی استخاره نمود که این آیه از قرآن آمد:« و اتونی باهلکم اجمعین ». این آیه تکلیف آیت الله حائری را روشن نمود و سرانجامی نورانی و توام با مباهات را نوید می داد، از حسن تصادف نام مبارک ایشان با تاریخ هجرت وی از اراک به قم موافق است، زیرا نام « حاج شیخ عبد الکریم یزدی » موافق با 1340 ه ق به حروف ابجد بود و عبارت « حاج شیخ عبد الکریم » برابر1299 ه ش است که این زمان نیز مقارن با مهاجرت معظم له به قم شد.

پس از تاسیس حوزه علمیه قم مرحوم بافقی در اداره امور حوزه ها بازویی قوی به شمار می رفت و نیز در این تلاش عظیم و باقیات الصالحات آیت الله حائری، با آن مرحوم همکاری داشت. وجوه شرعی که برای مؤسس حوزه و مرجع عالی قدر شیعه ارسال می گردید، نزد وی جمع آوری می شد و در واقع خزانه دار مرحوم حاج شیخ عبد الکریم حائری بود و حقوق علما و طلاب را شخصا می پرداخت و در مواقع غیبت شیخ عبدالکریم، شیخ به جای او به امامت جماعت می ایستاد.

طلاب علوم دینی آن دوره به اتفاق می گویند:« در زمانی که شیخ محمد تقی بافقی مقسّم شهریه بود آرامشی خاص داشتیم و به ما سخت نمی گذشت، تا مشکلاتی مادی پیدا می کردیم به ایشان مراجعه نموده و او هم با دلسوزی در همان لحظه نسبت به رفع تنگناها اقدام می نمود».

مرحوم بافقی در آغاز هر ماه از آیت الله حائری وجوهات را تحویل گرفته و بین طلّاب تقسیم می نمود، در یکی از ماه ها که به نزد مرجع بلند مرتبه شیعه مشرّف می شود که وجوهات را دریافت نماید، شیخ می فرماید: اکنون جز توکل به خداوند چیزی در بساط ندارم! مرحوم بافقی می پرسد: چیزی نیست؟ پاسخ می شنود: خیر ! مرحوم بافقی بلافاصله به سوی جمکران حرکت می کند و معلوم نیست چگونه با حضرت مهدی(عج) در این مکان صحبت می کند که در اندک مدتی شهریه آماده می شود و بارها اتفاق افتاده بود که از این طریق مستمری طلّاب درست شده بود.