علامه جعفری در اواخر زندگی، دچار بیماری سرطان ریه شد. پزشكان این بیماری را در ایشان در مرداد ماه 1377 تشخیص دادند. فرزند علامه ـ دكتر غلامرضا جعفری ـ كه در نروژ مشغول تحصیل در دوره فوق دكترا بود، ‌به ایران آمد تا ایشان را برای ادامه معالجه به آن جا ببرد. استاد هنگام خداحافظی با خانواده گفت: «این سفر بدون بازگشت است. پس از مرگ من، درباره من اغراق نكنید.» و به فرزندش گفت: «جلال الدین! حال كه به عمر خود نگاه می‌كنم می‌بینم كه چقدر سریع گذشت.

در نروژ ماجرای جالبی روی داد: شبی یكی از دوستان دكتر غلامرضا جعفری او و استاد را برای شام به منزل خود دعوت كرد. استاد و فرزندش در موقع مقرر به آن جا رفتند. هنگام شام، استاد ناراحت شد و گفت: «بوی تعفّن می‌آید!» هرچه به او گفته شد كه تعفنّی در كار نیست، ‌نپذیرفت؛ سرانجام دكتر غلامرضا جعفری برخاست و همراه پدر شام نخورده از آن جا خارج شدند. صبح روز بعد دكتر جعفری با آن دوست تماس گرفت تا عذر خواهی كند، امّا با كمال تعجب دوستش گفت: برای شام شب گذشته نتوانستم مرغ ذبح اسلامی تهیه كنم، به ناچار از مرغ‌های معمولی استفاده كردم. از این كه داشتم مرغ نجس به استاد می‌دادم؛ بسیار ناراحت بودم؛ و خیلی خوشحال شدم كه ایشان شام نخوردند!
استاد جعفری در بیمارستان «لیستر» شهر لندن نیز بستری شد؛ امّا سرانجام در 25 آبان 1377 ش به ملكوت اعلی پیوست.(فیلسوف شرق، ص 158 ـ 164 و ص 208، 209 و 213)

منبع: محمد خردمند، تلخيص از كتاب گلشن ابرار، ج: 3، ص: 508.