گریه ها، ناله ها، مناجات و عبادات شیخ محمد تقی بافقی زندان و زندانیان را متحول نموده بود و زندان شده بود مسجدی که عدّه ای در آن اعتکاف نموده اند؛ جمع زیادی از زندانیان از گناهان خود تائب شدند و در اول وقت به امامت ایشان نماز جماعت برگزار می شد.
معظم له نیز با موعظه و پند زندانیان را به توحید و خداپرستی دعوت می نمود و به تبلیغ دین می پرداخت.
حتی مأموران زندان که مراقب ایشان بودند از دیدن حالات این مرد متنبّه شده و اهل عبادت شده بودند.
دولت که دید نمی تواند برای ایشان مأمور مسلمان بگذارد. دو نگهبان یهودی را مأمور ایشان کرد. آن ها در مدت  کمی مسلمان شدند و سپس احکام را یاد گرفتند و مشغول عبادت شده بودند. بعد دو مأمور مسیحی را برای مراقبت از ایشان گماشتند ، آن ها نیز مسلمان شدند. 

"من شأن المومن ان یؤمن به الشیاطین و الکفار" ؛ "مؤمن واقعی چنان است که شیاطین و کفار به او ایمان می آورند."
و ایشان در این فضیلت ضرب المثل علمای اخلاق شده بودند.