آیت الله شیخ محمد بهارى دروس مقدماتى را در زادگاه خود؛ شهر بهار، زير نظر پدر بزرگوارش، نزد ملاّ عباسعلى بهارى و ملاّ جعفر بهاری به پايان رسانيد. آن گاه براى ادامه تحصيلات به همدان رفته و در درس استاد اسماعيل همدانى و ميرزا محمود طباطبايى شركت نمود. سپس به بروجرد رفته و دروس فقه و اصول را نزد مرحوم حاج ميرزا محمود بروجردى فرا گرفت و از ایشان اجازه اجتهاد گرفت. آیت الله شیخ محمد بهارى در سال 1297 هـ .ق. به نجف اشرف رفت و از آموخته هاى ملاحسينقلى شوندى بهره مند شد.

ایشان در عرفان و قرآن، از محضر آيت الله العظمى آخوند ملاحسينقلى شوندى همدانى بهره ها برد. شاگردان مكتب تربيتى آخوند را بيش از 300 نفر ذكر كرده اند.

سيد احمد كربلايى، سيد ابوالقاسم اصفهانى، شيخ محمّد بهارى همدانى، دولت آبادى، شيخ باقر آقا موسى، ميرزا جواد آقا ملكى تبريزى، سيد محمّد سعيد حبوبى، شيخ آقا رضا تبريزى، شيخ على (فرزند آخوند)، شيخ على قمى، شيخ مولى شراره، از شاگردان مشهورِ آن عارفِ وارسته هستند. شيخ محمّد بهارى از برجسته ترين شاگردان آخوند ملاحسينقلى همدانى بود. به تعبير شيخ آقا بزرگ تهرانى، هو اجلهم اعظمهم.[1] او شاگرد آخوند بود.

آيت الله سيد محمّد حسين طهرانى او و سيد احمد كربلايى را ممتازترين شاگردان آخوند همدانى دانست و درباره سيد احمد كربلايى فرمود: «از اعاظم فقهاء شيعه اماميّه و از اساتيد حكمت و عرفان الهى بوده است.» امّا در حكمت و عرفان او همين بس كه پس از رحلت مرحوم عارف بى بديل و حكيم و مربى و مدرس و فقيه بى نظير حضرت آيت الله آخوند ملاحسينقلى همدانى ـ رضوان الله تعالى عليه ـ در نجف اشرف، با عديل و همرديف خود، مرحوم شيخ محمّد بهارى در ميان سيصد تن از شاگردان آن مرحوم، سرآمد و شاخص بود.

پس از مهاجرت بهارى به همدان، سيد احمد كربلايى، يگانه عالِم اخلاق و مربى نفوس در طى طريق الهى و سير در معارج و مدارج كمال نفس انسانى و ايصال به كعبه مقصود و حرم معبود بود.[2]

شيخ محمّد بهارى و حاج سيد احمد كربلايى از تربيت شدگان مكتب عرفان آخوند ملاحسينقلى همدانى و از شاگردان توانمند او بودند. آخوند ملاحسينقلى همدانى عرفان را از آيت الله آقا سيد على شوشترى آموخته بودند و سيد على شوشترى نيز از مرد «جولا».

حاج سيد محمّد حسين طباطبايى قاضى مى نويسد:

من از پدرم پرسيدم: «شما عرفان را از كه أخذ كرده ايد؟ فرمودند: از مرحوم سيد احمد كربلايى طهرانى. عرض كردم: او از چه كسى؟ فرموند: از آقا سيد على شوشترى. عرض كردم: او از چه كسى؟ فرمودند: از «جولا» عرض كردم: او از چه كسى فرا گرفته؟ ايشان با تغيُّر فرمودند: من چه دانم! تو مى خواهى سلسله درست بكنى.»[3]

منبع: 
[1] نقباء البشر، ص 677.
[2] توحيد علمى و عينى در مكاتيب حكمى و عرفانى، ص 17 و 18.
[3] الله شناسى، ج 1، ص 191.