اسرار الهى در دل تابناك بهارى موج مى زد. آن بزرگوار از حيث اخلاق، متواضع، مؤدب و در حفظ آداب معاشرت و سعه صدر، سعيى بليغ مى نمود.

بهارى در اخلاق، حسن رفتار، حلم، بردبارى و خوش خُلقى از بين شاگردان مرحوم آخوند، زبانزد و نمونه و بارز بود. او در نجف، شيوه تربيتى استادش را ادامه داد. بسيارى از عالمان و تاجران ايرانى، عرب و هندى شيوه سلوك و خود سازى را از او طلب مى كردند وى نيز با كمال گشاده رويى و مهر و محبّت، شفاهى يا كتبى آنان را هدايت و ارشاد مى نمود و بدين ترتيب مكتب آخوند را استمرار و تداوم مى بخشيد.

ميرزا جواد آقا ملكى تبريزى كه از بزرگان اهل معرفت زمان خويش بود، درباره استاد خويش، آخوند همدانى مى نويسد:

در يك برخورد اعجاب آنگيز، مرحوم آخوند يك فرد منحرف را دگرگون مى ساخت. گويند: آقايى آمد نزد مرحوم آخوند و ايشان او را توبه دادند. در عرض 48 ساعت بعد، وقتى كه آن مرد آمد به گونه اى متحوّل شده بود كه باورمان نمى شد كه اين همان آدم چند ساعت پيش باشد.

آيت الله شيخ محمّد بهارى همانند استاد گرانقدرش بود. او در همان برخورد اول، طرف مقابل را مجذوب و شيفته خود مى ساخت. او روزى در نجف اشرف، با جمعى از طلّاب در محوطه حياط مدرسه ايستاده بود. رهگذرى جسارتى به طلّاب مى نمايد. طلبه ها در صدد پاسخ به توهين او بر مى آيند، امّا بهارى مى گويد: او را به من واگذاريد. بهارى به رهگذر مى گويد: آيا نخواهى مُرد؟ آيا وقت آن نرسيده است كه از خواب غفلت بيدار شوى؟ آن مرد نگاهى به پشت سرخود مى كند و خطاب به بهارى مى گويد: چرا، چرا؟ اتفاقاً موقعش فرا رسيده است! او در حضور بهارى توبه مى كند و تحوّل و انقلابى درونى در او پيدا مى شود و از زهّاد و عبّاد و از اوتاد زمان خود مى شود.
 فلسفه اخلاقى، ص 12 ـ 19.