عزيمت به بروجرد

شيخ محمّد بهارى پس از اتمام تحصيلات مقدماتى در همدان، براى ادامه تحصيل به بروجرد عزيمت مى كند و در درس آيت الله حاج ميرزا محمود بروجردى، پدر آيت الله العظمى آقا حسين بروجردى(قدس سره) شركت مى كند. او پس از اخذ درجه اجتهاد در 32 سالگى، به زادگاه خود برمى گردد. وى مدت كوتاهى در بهار به ارشاد مردم مى پردازد و دوران جوانى، همراه پدر به زيارت اماكن مقدّس در عراق مى رود.

هجرت به نجف اشرف

شيخ محمّد بهارى در سال 1297 هـ .ق. براى ادامه تحصيلات وارد حوزه علميّه نجف اشرف مى گردد. وى در نجف از ملازمان درس آخوند ملا حسينقلى همدانى و از شاگردان ممتاز او بود. آخوند همدانى درباره اش فرمود: «حاج شيخ محمّد بهارى، حكيم اصحاب من است.»

بهارى در درس عارف كامل و استاد بى نظير عرفان، آخوند ملاّ حسينقلى شوندى درجزينى همدانى (متوفاى: 1311 هـ .ق.) شركت مى كنند و تا زمان وفات آن مرد بزرگ از محضر پر فيضش بهره مند مى شود.

حاج شيخ محمّد بهارى در نجف دچار بيمارى مزمن مى شود. پزشكان راه علاج او را تغيير آب و هوا مى دانند. وى به سفارش پزشكان، به ايران بر مى گردد و مدّتى در مشهد ماندگار مى شود. بارديگر تصميم به سفر به نجف مى گيرد، امّا بدتر شدن وضعيت جسمانى اش سبب بازگشت او به بهار مى شود و تا پايان عمر در اين شهر اقامت مى گزيند.