آثـار علمى آيت الله شيخ محمّد بهارى منحصر به مكاتباتى است كه براى شاگردان خود نگاشته است. تعدادى از اين مكاتبات ارزشمند در كتاب تذكرة المتقين به گرد آمده است. مى نويسد:

«اين بنده از حضرت آيت الله العظمى خامنه اى(مد ظل العالى) شنيدم كه فرمودند: مرحوم شيخ محمّد بهارى افزون بر كتاب تذكرة المتقين، نوشته يا نوشته هاى ديگرى نيز داشته است.»[1]

شيخ آقا بزرگ تهرانى در كتاب ارزشمند الذريعه الى تصانيف الشيعه، از كتاب «منشآت» بهارى ياد مى كند و مى نويسد: منشآت بهارى الهمدانى النجفى الحاج شيخ محمّد بهارى به طبع تهران.[2]

كتاب ديگرى به نام «كتاب القضاء» را نيز به شيخ محمّد بهارى نسبت مى دهند. بهارى از نظر علمى، به درجات عالى و اجتهاد رسيده بود و شاگردان بسيارى نيز تربيت كرده بود. اگر آثار مكتوب و قلمى كم تراز ايشان به يادگار مانده است، نشان از توجه وى به تربيت شاگردان و رجال دينى و اهتمام خاص در سير و سلوك وى است، به گونه اى كه كتاب تذكرة المتقين، دستور العمل و نسخه عرفانى و تهذيب نفس براى شاگردان است.
منبع: 

[1] سيستم كيفرى اسلام و پاسخ به شبهات، ص 27.
[2] الذريعه الى تصانيف الشيعه، ج 23، ص 25.