مرحوم آخوند شاگردان خود را از نظر سطح علمی و عملی تقسیم كرده بود و در این میان شیخ محمد بهاری را حكیم اصحاب خود معرفی نموده و او را وصی خاص خود قرار داده بود. عارف ما براستی در میان 300 تن از شاگردان مرحوم شوندی مبرزترین آنها و از اساتید وحید عرفان و حكمت بوده است. مرحوم شیخ آقا بزرگ تهرانی در كتاب نقباء البشر او را اجل و اعظم تلامذه آخوند معرفی می كند، "هو اجلههم و اعظمهم" (شیخ آقا بزرگ تهرانی، 1404: ج 2: 677) در این بخش به بعضی از نكات برجسته شیوه و مشرب عرفانی این عارف بزرگ می پردازیم.

1- توجه و پایبندی به شریعت

از زمان پیدایش عرفان به عنوان یك علم در دامن فرهنگ اسلامی و رشد و تكامل آن ما شاهد ظهور و بروز نحله‌ها و سلسله های رسمی گوناگون بوده ایم. این نحله ها و مكاتب را از یك نظر به دو گروه كلی می توان تقسیم نمود:

الف- مکاتبی که در سلوک معنوی اصولاً پای بندی به شریعت را لازم ندانسته و یا تنها برای مدتی موقت و مرحله ای خاص لازم می دانند.

ب- مكاتبی كه پایبندی به احكام شرعی را تنها راه رسیدن به مقامات عالی معنوی دانسته و آن را همواره لازم می دانند.(آذربایجانی و دیلمی،1382: 21) استاد مطهری در تبیین گروه دوم اینگونه می فرماید: «از این به بعد (از ابتدای قرن دهم) به نظر ما عرفان شكل و وضع دیگری پیدا می كند. تا این تاریخ شخصیتهای علمی و فرهنگی عرفانی همه جزء سلاسل رسمی تصوفند، و اقطاب صوفیه شخصیتهای بزرگ فرهنگی عرفان محسوب می شوند و آثار بزرگ عرفانی از آنهاست. از این به بعد شكل و وضع دیگر پیدا می شود. اولاً دیگر اقطاب متصوفه همه یا غالباً آن برجستگی علمی و فرهنگی كه پیشینیان داشته اند ندارند. شاید بشود گفت كه تصوف رسمی از این به بعد بیشتر غرق آداب و ظواهر و احیاناً بدعتهایی كه ایجاد كرده است می شود. ثانیاً عده ای كه داخل در هیچیك از سلاسل تصوف نیستند، در عرفان نظری محی الدینی متخصص می شوند، كه در میان متصوفه رسمی نظیر آنها پیدا نمی شوند. این عده كه متخصص در عرفان نظری هستند یا اصلاً اهل عرفان عملی و سیر و سلوك نبوده اند و یا اگر بوده اند از سلاسل صوفیه رسمی بركنار بوده اند. ثالثاً از قرن دهم به بعد ما به افراد و گروههایی بر می خوریم كه اهل سیر و سلوك و عرفان عملی بوده اند و مقامات عرفانی را به بهترین وجه طی كرده اند بدون آنكه در یكی از سلاسل رسمی عرفان و تصوف وارد باشند و بلكه اعتنایی به آنها نداشته و آنها را كلاً یا بعضاً تخطئه می كرده اند. از خصوصیات این گروه كه ضمناً اهل فقاهت  هم بوده اند وفاق و انطباق كامل میان آداب و سلوك و آداب فقهیه است.(مطهری،1361: 123-121) از نظر این گروه اگر كسی بخواهد به مقام منیع عرفان راه یافته و اسفار چهارگانه را پشت سر بگذارد، باید بینشی عمیق داشته باشد، «شریعت» را در خدمت«طریقت» و هر دو را در خدمت «حقیقت» بداند، و در مسیر طولی خود، بین این سه امر جدایی نینداخته و در هیچ مرحله ای آنها را از یكدیگر جدا نكند. (جوادی آملی،1375: 81) از نظر اینان شریعت و طریقت و حقیقت نامهایی است كه بر حقیقت واحدی صادق است و آن حقیقت، شرع محمدی صلی الله علیه و آله است كه به اعتبارات مختلف بر آن اطلاق می شود و فرقی میان آنها جز به اعتبار مقامات نیست.(عبدالصمد همدانی، 1374: ج2، 236)

شیخ محمد بهاری از زمره كسانی است كه هم اهل شریعت بوده و هم اهل طریقت. از نظر ایشان آنانی كه می پندارند با عمل به شریعت نمی توان به طریقت رسید، آنها هم شریعت را درست نشناخته و به آن عمل نكرده‌اند. و یا اگر با سیر و سلوك و شریعت و طریقت هماهنگ شده ولی به حقیقت نائل نشده اند. برای آن است كه به درستی طی طریق نكرده اند.

ایشان در مراسله سوم كتاب تذكره المتقین می فرماید:

«تارك الصلوه را بل تارك النوافل را دم از عرفان زدن غلط اندر غلط است.»(بهاری،1364: 104) شیخ محمد بهاری ترك واجبات را از جمله معاصی دانسته و معتقد است تا مادامی كه انسان مبتلای به معاصی است نمی‌تواند محبت میان خود و مولایش را تحصیل كند:

«غرض اصلی از خلقت حاصل نخواهد شد بجز اینكه معرفت و محبت میان عبد و مولا باشد و تحصیل تقوی محتاج به چند چیز است كه چاره ندارد از آنها، یكی پرهیز از معاصی است، باید معاصی را تفصیلاً یاد بگیرد، هر یك را در مقام خود ترك نماید، كه از جمله معاصی است ترك واجبات، پس باید واجبات خود را هم به مقدار وسع و ابتلاء به آنها یاد گرفته عمل نماید.(همان:88)

از نظر ایشان سالك واقعی باید وقتی را برای عبادت قرار دهد و هیچ كاری را در آن وقت غیر از عبادت انجام ندهد(همان:92) و در دستور العمل هایی كه داشته اند پرهیز از مكروهات و پرداختن به مستحبات و حتی ترك مباحات در غیر مقدار لزوم و ضرورت را به شاگردان خود سفارش نموده و تأكید می كردند كه حتی المقدور چیز مكروه نباید در نظر آنها حقیر بیاید.(همان:89) از نظر شیخ محمد بهاری رجاء بی عمل غلط محض است، زیرا كه اگر فقط رجاء كافی بود حضرات ائمه علیهم السلام ابدان مقدسة خودشان را اینقدر به تعب و مشقت نمی انداختند و در عمل نمی كوشیدند و استراحت را بر خود حرام نمی كردند و شب و روز هی تضرع و زاری و ابتهال نمی نمودند.(همان: 76)