سرانجام خورشید عرفان و مناجات، روز یازدهم ذی‌حجه سال 1343 قمری از دنیا رفت به لقای محبوبش رسید.
چگونگی حضور آن عارف فرهیخته را در ملکوت از زبان فرزانه وارسته، حاج آقا حسین فاطمی آگاه میشویم:
روز پنجشنبه، عید قربان بود. صبح، مسجد جمکران رفتم و قبل از ظهر به منزل برگشتم.
چون وارد شدم خبر دادند که حاج میرزا جواد آقا جویای احوال شما شدهاند. چون از کسالت وی اطلاع داشتم بدون هیچ معطلی به خدمتشان رفتم.
سال 1329 ق. قم پذیرای وجود حاج میرزا جواد آقا شد. در آن ایّام این شهر از حداقل امکانات محروم بود، جمعیتی اندک داشت و هنوز حوزه علمیّه کنونی تأسیس نشده بود.
این عارف فرزانه اندکی پس از ورود، به درخواست برخی از افراد پارسا، جلسات درس و محافل اخلاق برپا کرد.
درس «فقه» که متن آن مفاتیح فیض کاشانی بود و در پی آن درس «اخلاق و عرفان» برای عموم مردم که در مدرسه فیضیه تشکیل میشد.
درس دیگری برای بعضی از خواص در منزل حاج میرزا برقرار میشد که اخلاق و عرفان بود.
آیت الله میرزا جواد آقا ملکی تبریزی؛ عارف، حکیم، استاد اخلاق و فقیه بزرگ شیعه و اسلام در تبریز به دنیا آمد. تاریخ تولدش به طور دقیق معلوم نیست ولی از کتابی در «فقه» که یکی از فضلای معاصر به آن دست یافته و از مؤلفات ایشان و در پایان آن نوشته شده معلوم می‌شود که به سال 1312 هـ . ق مؤلف در عنفوان جوانی بوده است.
وی فرزند «حاج میرزا شفیع» بود و به دلیل نسبتش با خانواده ملک التجار تبریزی به ملکی معروف شد.
حاج آقا شالچی نقل می کند:
« روزی همراه استادم مرحوم حاج میرزا جواد آقا ملکی قدم می زدیم که ایشان در محلّی نشستند و مشغول خواندن چیزی شدند.
ما احساس کردیم ایشان مشغول فاتحه خوانی هستند و در عین حال قبری را هم آنجا نیافتیم! از ایشان سؤال کردیم: آیا قبر بزرگی در اینجاست که مشخص نیست و ما نمی دانیم؟
ایشان با لبخندی گذشتند. ما فهمیدیم که مایل به پاسخ گفتن، نیستند. پس از این ماجرا، هفته بعد فرزند ایشان فوت کرد و در همان نقطه ای که نشسته و ذکری زمزمه کرده بودند، دفن گردید و معلوم شد که ایشان خبر این حادثه را از قبل می دانستند!»
استاد شالچی تبریزی می فرمود :
« یکی از روزها صبح پس از نماز برای شرکت در جلسه اخلاق میرزا جواد آقا به فیضیه رفتم.
استاد به من فرمودند: میرزا عبدالله چه می بینی؟!
این صحبت استاد گویا خود تصرفی بود که آن بزرگ در جان من کرد و حجاب ملکوت از برابر چهره ام برداشته شد.
دیدم اشخاصی را که در فیضیه هستند و در ظاهر می بینم، اما باطن آنان را نیز مشاهده می کنم به صورت های گوناگون اند!
بار دیگر فرمودند: فلانی چه می بینی؟ و من چون توجه کردم دریافتم ارواح مؤمنین روی صحن مدرسه فیضیه دور هم نشسته اند و با هم مذاکره می کنند!
مرحوم شرف رازی نقل کرده است :
جوانی بود مسیحی به نام يونس که به خاطر يک عمل انسانی مورد عنايت حضرت ابوالفضل -عليه السلام- قرار گرفت و مسلمان شد و نامش را به عبدالمهدی تغییر داد.
داستانش را به نقل از حاج عباس، خدمتگزار بيت آيت الله شهيد حاج شيخ محمد تقی بافقی، اينگونه نقل کرده اند:
دوستى داشتم به نام مرحوم سرهنگ محمود مجتهدى که به محضر آیت الله میرزا جواد ملکی تبریزی شرف یاب شده بود و نیز از انفاس ایشان بهره اى داشت، او مى گفت: روزى پس از پایان درس، عازم حجره یکى از طلبه ها گردید، وارد که شد و مراسم احترام معمول گردید و پس از اندکى جلوس ، برخاسته و حجره را ترک نمود، منظور از این دیدار کوتاه و عجیب را پرسیدم ، فرمود: شب گذشته به هنگام سحر، فیوضاتى بر من اضافه شد که فهمیدم از ناحیه خودم نیست و چون توجه کردم دیدم که این آقاى طلبه به تهجّد برخاسته و در نماز شب اش مرا دعا کرده است و این فیوضیات اثر دعاى اوست ، این بود که به عنوان سپاسگذارى از عنایتش ، به دیدار او
جناب حجة الاسلام حاج سید جعفر شاهرودى که از علماى عصر حاضر طهران است، فرمود: شبى در شاهرود خواب دیدم که در صحرایى حضرت صاحب الامر (علیه السلام) با جماعتى تشریف دارند و گویا به نماز جماعت ایستاده اند، جلو رفتم که جمال دلربایش را زیارت و دست مبارکش را بوسه زنم، چون نزدیک شدم شیخ بزرگوارى را دیدم که متصل به آن حضرت ایستاده و آثار جمال و وقار و بزرگوارى از سیمایش پیداست، چون بیدارشدم درباره آن شیخ فکر کردم که کیست که تا این حدّ نزدیک و مربوط به مولاى ما اما زمان است؟
آیت الله فهری در مورد زندگی آیت الله میرزا جواد ملکی تبریزی نقل می کنند :
یکی از مردان پیشتاز این راه مرحوم عارف بالله آیة الله حاج میرزا جواد ملکی ـ قدس الله نفسه الزکیه ـ است که در این میدان گوی سبقت از همگان ربود.
این مرد بزرگ با اینکه در مقام عرفان مقامی بس والا داشت و از اعظم فقهای « صائنا" لنفسه، حافظا" لدینه، مخالفا" لهواه و مطیعا" لامر مولاه» به شمار می آید .
